Krankheit, Tod und Verderben beherrschen die Zeit des dreißigjährigen Krieges, in der auch der Film „Krabat“ spielt. Nachdem der junge Krabat (David Kross) seine Mutter durch die Pest verlor, zieht er mit seinen Freunden als Musiker bettelnd durch die Dörfer um etwas Geld zu verdienen. Eine mysteriöse Stimme bringt Krabat dazu, sich von seinen Freunden zu trennen und führt ihn zu einer Mühle.
Der Betteljunge Krabat findet hier eine Anstellung als Lehrling. Hier beginnt er, für eine tägliche Mahlzeit und einen Schlafplatz, eine Lehre zum Müller.

Auf dem Hof des strengen Müllermeisters (Christian Redl) findet Krabat in dem Gesellen Tonda (Daniel Brühl) einen neuen Freund. Nach kurzer Lehrzeit begreift Krabat, dass die Mühle keine gewöhnliche Mühle und ihr Lehrmeister kein gewöhnlicher Müller ist. Als er in einer Vollmondnacht entdeckt, dass statt des üblichen Getreides Knochen zu Mehl verarbeitet werden, fühlt er sich bestätigt. Krabat gelangt zu der Erkenntnis, dass die Mühle in Wahrheit eine Schule für Schwarzmagier und der Müller ein Magier ist, der seine Gesellen in der Kunst der schwarzen Magie unterrichtet. Nach und nach verfällt auch der junge Krabat der Faszination der schwarzen Magie.

Den Kontakt zur Außenwelt wird den Gesellen vom Müllermeister verboten. Zwar lernt er dank der Zauberkunst Dinge zu vollbringen, die er nie für möglich gehalten hätte, aber er wird sich auch der Gefahren seines Handelns bewusst. Zudem ist er in jeglicher Hinsicht seinem Meister ausgeliefert. Als Krabat sich eines Tages in das Bauernmädchen Kantorka (Paula Kalenberg) verliebt, wittert der alte Magiermeister Gefahr. Um mit Kantorka zusammen sein zu können, muss Krabat den Kampf mit der dunklen Macht aufnehmen.