Im modernen Tokyo lebt die Familie Higurashi auf dem der Familie nach Erbrecht gehörenden Shinto-Schrein, auf dessen Grund auch der uralte Baum Goshinboku steht. Kagome, die fünfzehnjährige Schülerin einer Junior High School, sieht die Geschichten ihres Großvaters eher mit gemischten Gefühlen. Mystische Wesen und Dämonen sind in der heutigen Zeit eher Märchenfiguren. Auf der Suche nach ihrer Katze, Buyo, betritt sie das Gebäude mit dem Knochenbrunnen, über den der Großvater Schauergeschichten erzählt hat. Plötzlich durchbricht ein Tausendfüßler-Dämon den Verschluss und zerrt Kagome mit sich hinein. Als Kagome am Grund des Brunnens wieder zu sich kommt, steigt sie hinauf und findet sich in der Sengoku Periode des alten Japans wieder. Sie ist durch die Zeit gereist und nun fünfzig Jahre nach Kikyos Tod in der Nähe des Dorfes gelandet. Die einzige ihr bekannte Markierung ist Goshinboku. Sie entdeckt InuYasha, der noch immer in einem magischen Schlaf versiegelt ist, am Baum vor. Von aggressiv vorgehenden Dorfbewohnern wird sie dorthin geschleppt, wo deren alte Priesterin Kaede sie als Inkarnation ihrer verstorbenen Schwester erkennt. Als auch der Tausendfüßler-Dämon im Dorf auftaucht realisiert Kaede, das auch das Juwel mit Kagome wiedergeboren wurde. Auf der Flucht vor dem Dämon gelangt sie wieder zu InuYasha, der aus seinem magischen Schlaf erwacht. Kagome befreit InuYasha von dem Bann des Pfeiles. Als er erneut versucht, an den Juwel zu gelangen, wird er von Kaede mit den magischen Perlen der Unterwerfung einem neuen Bann unterworfen. Kagome kann ihn fortan mit dem einfachen Kommando „Sitz!“ bändigen. Immer mehr Dämonen werden durch das heilige Juwel Shikon no Tama angelockt, bis Kagome es bei einem Kampf versehendlich mit einem geweihten Pfeil in unzählige Fragmente zerplatzen lässt. Da auch die kleinen Splitter bereits große Kraft verleihen, ziehen Kagome und InuYasha los, um die Splitter wieder einzusammeln. Auf ihrem Weg treffen sie auf die verschiedensten Menschen und Dämonen und schließen auch Freundschaften. Shippo, eine kleiner Fuchsdämon; Miroku, ein verfluchter Mönch und Frauenheld; und Sango, eine Dämonenkillerin mit einer tragischen Vergangenheit schließen sich den Beiden auf ihrer Suche an. Sie treffen auf InuYashas älteren Halbbruder Sesshomaru, der teilweise mit einem Teil von Kagomes Seele wiedererweckten Kikyo und einem Wolfdämonen namens Koga. Naraku, der auf die eine oder andere Weise hinter dem Leid der Freunde steht, kreuzt immer wieder ihren Weg und wird der Hauptgegner beim sammeln der Juwelensplitter. Als sich dann noch herausstellt, dass er vor fünfzig Jahren den Angriff auf das Dorf in InuYashas Gestalt verübt hat und auch für Kikyos tödliche Verletzung verantwortlich war, ist seine Auslöschung das festgelegte Ziel!