Pains Vergangenheit
Bevor Pain als solcher existierte, war er ein Waisenjunge aus Amegakure und hieß Nagato und war ziemlich schüchtern und verängstigt. Nagato verlor seine Eltern im großen Krieg zwischen Konoha uns Amegakure. Zusammen mit Konan und Yahiko blieb er allein zurück. Bis sie auf drei Konoha Ninja trafen.
Es waren die drei legendären Sannin Jiraiya, Tsunade und Orochimaru. Diese schnorrte Yahiko damals um essen an, da diese als Waisen weder Essen noch Geld hatten. Jiraiya der als einzigste Nett zu den Kindern war entschied sich bei ihnen zu bleiben, und ihnen das nötigste an Shinobi Techniken beizubringen damit sie sich verteidigen konnten. So wurde Jiraiya zu dem Sensei von Team Yahiko,Konan, Nagato. Zu dieser Zeit weinte Nagato oft, da er seine Eltern vermisste. Yahiko empfand dies als Schwäche, und erzählte Nagato von seinem Traum von einer besseren Welt. Während des Trainings stellten sich die Fähigkeiten der Kinder heraus. Konan konnte sich in Papier auflösen. Yahiko konnte den Regen beschwören und Nagato hatte das Rin'negan.
Nachdem Nagato dieses anwandte um Yahiko vor einem feindlichen Ninja zu retten hatte er einen Blackout. Später stellte es sich heraus das er den Ninja tötete. Darauf verlief Jiraiya die Kinder, da diese nun auf sich selbst acht geben konnten. Jiraiyas Wunsch war es immer gewesen das Nagato zu einer guten Person heranwachsen würde.
Pain schaffte es später allein Sanshouuo no Hanzou den Anführer von Amegakure zu töten und dessen platz einzunehmen. Nicht nur Sanshouuo no Hanzou sondern auch dessen Frau, Kinder und Freunde. Trotz alledem wird Pain in Amegakure wie ein Gott verehrt, und hält sich auch für einen.