In der Nördlichen Wüste liegt das Reich des Chaos. Hier sind die vier Chaosgötter zuhause: Tzeentch, der Wandler der Wege; Khorne, der Blutgott; Nurgle, der Herrscher der Verwesung; Slaanesh, der Dunkle Prinz. Diese Götter verkörpern jeweils die Wut, die Hoffnung, die Verzweiflung und die Lust. In der Nördlichen Wüste durchdringt das Chaos die Welt, und seine Macht ist so stark, dass Umwelt und Bewohner von ihr verunreinigt werden und mutieren. Die Bewohner der Wüste verehren die Chaosgötter, daher werden die Krieger, die dieses Land hervorbringt, Horden des Chaos genannt. Normalerweise bekämpfen sich die Stämme der Nordmänner gegenseitig, doch gelegentlich tritt ein Champion auf und vereint die Stämme. Dann ziehen sie los, um das Chaos in der Alten Welt zu verbreiten, und gewöhnlich fangen sie mit dem Imperium im Süden an.

Während die Macht des Chaos sich ausbreitet, mutiert die Chaosarmee kontinuierlich weiter und wird von den Chaosgöttern mit neuen Kräften „gesegnet“. So können Einheiten, die als gewöhnliche Fußsoldaten angefangen haben, im Lauf des Spiels neue Kräfte erlangen und bedrohlichere Formen annehmen. Das Chaos verleiht große Macht; seine Anhänger haben lebende Rüstungen und besondere Fähigkeiten, die den Männern des Imperiums nicht zur Verfügung stehen. Die Chaosrüstung ist eines der bekanntesten Merkmale der Chaosarmee. Diese lebende Rüstung bietet ihrem Träger einen unirdischen Schutz vor dem Feind und flößt denen, die ihren Weg kreuzen, oft große Furcht ein.

Das Imperium ist in Warhammer: Mark of Chaos die Seite der Menschen. Die Armeen der Menschen stehen in der Alten Welt gegen die Chaosarmeen aus dem Norden als Verteidiger an vorderster Front. Sie verfügen über eine rudimentäre Art der Magie, die sie nach dem ersten Großen Krieg gegen das Chaos von den Hochelfen erlernt haben. Im Imperium wurden Schulen errichtet (jede repräsentiert einen von acht verschiedenen Orden), die sich auf bestimmte Disziplinen spezialisiert haben. Beispielsweise erforscht der Jadeorden die Lehre des Lebens, die sich auf das Studium der Natur und allen Lebens konzentriert. Daher haben Jadezauberer Macht über die Natur.

Neben ihrem primitiven Verständnis der Magie besteht noch der Glaube an ihren uralten Gott Sigmar, einen Kriegsgott, dem sie voller Inbrunst huldigen. Sigmars Kämpfer, die Sigmarpriester können göttliche Kräfte lenken und sie im Kampf einsetzen. Das Imperium hat begriffen, dass Einfallsreichtum und Anpassungsfähigkeit seine stärksten Waffen in einer Welt voller monströser Bestien und übernatürlichen Übels sind. Die Technicusakademie entwarf einige sehr kreative Kanonen und Kriegsmaschinen, wie beispielsweise die Höllenfeuer-Salvenkanone. Dank ihrer stählernen Rüstungen und Schwerter, gepaart mit Schießpulver und überlegener Taktik, sind sie in der Lage, den widerwärtigsten Kreaturen der Warhammer-Welt Auge in Auge gegenüberzutreten.

Die Skaven sind böse Rattenmenschen, die unter der Erde leben. Sie leben und reisen unterirdisch, in einem riesigen Tunnelnetzwerk, das einen Großteil der Warhammer-Welt durchzieht. Es mag einem vielleicht schwerfallen, sich eine Ratte als ernsthaften Gegner vorzustellen, doch das Ganze sieht schon völlig anders aus, wenn diese Ratte zwei Meter groß ist, eine Rüstung trägt, seuchenbehaftete Waffen schwingt und zusammen mit Hunderten ihrer Artgenossen angreift. Die Skaven bestehen aus zahlreichen Klans, die miteinander um die Vorherrschaft ringen. Manche der mächtigeren Klans haben ihre eigenen Spezialitäten, da wären z.B. die mit allen möglichen Krankheiten infizierten Truppen des Seuchenklans, die mutierten Monstrositäten des Züchterklans und die heimtückischen Assassinen des Klans Eshin. Die bedeutendsten Skaven gehören den Dreizehn Herrschern des Zerfalls an, einem Rat, der aus den mächtigsten Kriegsherren der Skavenklans besteht. Es ist allgemein bekannt, dass es dermaßen viele Skaven gibt, dass niemand ihnen gewachsen wäre, wenn sie plötzlich alle zusammen an die Oberfläche stürmen würden. Aber da sie ständig gegeneinander kämpfen und intrigieren, ist es unwahrscheinlich, dass es jemals dazu kommen wird.

Bei den Skaven gibt es zwar Champions, doch ihre Armeen bestehen größtenteils aus eher durchschnittlich begabten Einheiten; ihr Erfolg gründet sich vor allem auf den Moralschub, den ihnen ihre enorme Anzahl verleiht. Die Rattenarmeen werden für gewöhnlich von Grauen Propheten angeführt, Zauberern, die als Priester der bizarren Skavengottheit dienen – der Gehörnten Ratte. Magie und Waffen der Skaven basieren auf Warpstein, einer magischen Substanz, die unter der Erde zu finden ist. Die Skaven nutzen dessen Mutationskräfte, um an Angehörigen ihres eigenen Volkes grässliche Experimente durchzuführen, deren Ergebnis Kreaturen wie die monströsen Rattenoger sind. Sie setzen den Warpstein auch als Energiequelle für ihre großen Kriegsmaschinen ein, wie z.B. die Warpblitzkanonen.

Die Hochelfen sind ein uraltes, magisches Volk, das vor vielen Jahrhunderten die Alte Welt verließ und sich auf die verborgene Insel Ulthuan zurückzog. Sie kehrten jedoch während des Großen Krieges auf Schiffen zurück und halfen den Menschen mit ihrer Magie und ihrem Kampfgeschick, die Invasion des Chaos abzuwehren. Nach dem Krieg blieben viele Elfen in der Alten Welt und brachten dem Reich der Menschen ein wenig von ihrem magischen Wissen bei. Die Hochelfen betrachten sich selbst als Beschützer der Welt; sie sind bereit, erneut an der Seite der Menschen in den Krieg zu ziehen, um die Pläne des Chaos zu vereiteln.

Elfenmagie basiert auf einer reinen Form der Chaosenergie und ist weitaus stärker als die Magie der Menschen. Ein Hochelfenmagier ist ein mächtiger Verbündeter auf dem Schlachtfeld. Es ist wundersam anzusehen, wenn er seine Zauber schleudert. Aufgrund ihrer magischen Talente sind sie auch außerordentlich begabt, was die Anfertigung einzigartiger Gegenstände und Rüstungen angeht. Oft sieht man die Hochelfen in magischen Rüstungen, die vom Vater an den Sohn weitervererbt wurden.

Diese Soldaten kann man anheuern. Im Austausch für ein wenig Gold kann man über ihre Schwerter und ihre Geschütze befehlen. Sie sind zwar vor allem an harter Währung interessiert, aber sie sind vermutlich nicht bereit, in jemandes Dienste zu treten, wenn sie einen abgrundtiefen Hass gegen ihn hegen. Zwerge werden wohl nicht Seite an Seite mit Chaos- und Skavensoldaten kämpfen wollen, und kein Ork oder Goblin wird unter einem Imperiums- oder Elfenbanner in die Schlacht ziehen.